1 tRNA的结构与功能
??转运RNA（Transfer RNA），简称为tRNA，是由70~90个核苷酸组成的单链，tRNA的一级结构就是核苷酸的排列顺序，通过折叠形成二级结构，三叶草状。它是在细胞核中一小部分DNA上合成的，罗伯特·W·霍利在1965年提出了tRNA的三叶草模型，三叶草有三个褶皱，四个臂，即反密码子臂（anticodon arm），D臂（d arm），TΨC臂（tc arm）和氨基酸受体臂（amino acid acceptor arm）。除了这四个臂，还有一个可变臂（variable arm），呈弓形。
2 软件简介
??VARNA是一个绘制tRNA二级结构的java程序。官方网址如下：http://varna.lri.fr/。
3 下载安装
3.1 Java环境的下载安装
??进入官网后，点击左上方的Downloads，如果电脑还没有安装java的话，可以点击当前页面的Requirments后紧跟的那段话的最后标有颜色的超链接，Sun’s JAVA site。
??点击红色的Agree and Start Free Download按钮，即可安装JAVA。
3.2 VARNA软件的安装
??点击该界面的JAVA web start version窗口。正常下载后双击运行，如果弹出下方报错，需要将该网站添加到Java的“例外站点”列表中。
解决报错
??Windows操作系统，搜索“配置Java”，启动java控制面板，
??点击“安全” -> “编辑站点列表”，将该网址（http://varna.lri.fr）添加进去，-> “确定”。
再重新点击该程序就能进去了。
4 运行
??将tRNA的序列放到最上方Seq文本框中，将tRNA二级结构预测的结果填在下方Str文本框中。
tRNA二级结构的预测可以利用在线软件tRNAscan-SE或者ARWEN来完成。
Seq文本框中用来存放tRNA的序列，碱基组成为AUCG，但从基因组中直接提取出来的序列的碱基组成为ATCG，碱基的替换可以通过dna2rna.py这个python脚本来批量实现。