[Python知识库] python 处理生物信息（1）

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[Python知识库]python 处理生物信息（1）

今天的目标是随机产生碱基序列，并判断所产生的序列是否符合DNA碱基序列特征。

import random

Nucleotides=['A', 'T', 'C', 'G']    #创建包含DNA四个碱基的列表
DNA_seq=''.join([random.choice(Nucleotides) for i in range(500) ]) #随机产生DNA碱基序列
#函数判断产生的序列是否符合DNA序列
def validateSeq(dna_seq):  
    tmpseq=dna_seq.upper() #upper函数，将输入的字母全部换成大写字母
    for nuc in tmpseq:    #遍历产生的序列
        if nuc not in Nucleotides:  #if函数判断
            return False   #不是返回错误
        return tmpseq     #是返回碱基序列


DNAStr=validateSeq(DNA_seq)
Print(DNAStr)