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TopHat用于转录组测序数据的比对，它建立在Bowtie上，目前已经不再更新。TopHat目前的版本为v2.1.1,运行环境为python2，conda安装时要建立python2的环境，再通过conda?install TopHat?安装。
Usage: tophat [options]* <genome_index_base> <reads1_1[,...,readsN_1]> [reads1_2,...readsN_2]?
1. 比对单端测序数据
# 默认参数
tophat test_genome test_read.fq
#指定参数
tophat –p 20 –o output –G genome.gtf genome test_read.fq
参数说明：
-p?为安排运行tophat所需要的CPU线程数，根据服务器端的CPU总线程数来决定。
-o?为文件输出路径，一般建议每个样单独建立一个文件夹。
-G?后面跟着相应参考基因组的注释文件，在运行时会首先被tophat2调用bowtie2建立index，这个过程会占用一定的时间。
genome，样品物种的基因组index，可用bowtie2-build对物种的genome.fa文件进行建库，命令为：bowtie2-build genome.fa genome?，此命令建立index也需要花费较长的时间。
2. 比对双端测序数据
tophat –p 20 –o output –G genome.gtf genome test_reads_1.fq test_reads_2.fq
注：Starting with version 2.0.10 TopHat accepts mixed input file formats (FASTA/FASTQ)
3. 混合使用测序数据
Usage: tophat [options]* <genome_index_base> <reads1_1[,...,readsN_1]> [reads1_2,...readsN_2]
‐?or?‐?
tophat [options]* <genome_index_base> PE_reads_1.fq.gz,SE_reads.fa PE_reads_2.fq.gz?
‐?or?‐?
tophat [options]* <genome_index_base> PE_reads_1.fq.gz PE_reads_2.fq.gz,SE_reads.fa
4. 提前建好GTF文件的index，减少运行时间
# 建立注释文件index
tophat?–G?genome.gtf?--transcriptome-index=transcriptome_data/genome.gtf.index? genome
# 使用注释文件index。不需要-G选项
tophat –p 20 –o output --transcriptome-index=transcriptome_data/genome.gtf.index? genome reads_1.fa reads_2.fa
注：conda 安装的TopHat v2.1.1, 使用时加-p，-G等参数，报错。
Error: Could not find Bowtie 2 index files (–G.*.bt2l)
参考
TopHat
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