Python 对数据集进行归一化处理并存储为 mat 格式的文件
0. 导论
在做科研工作时,我们不仅从理论角度分析所提 idea 的种种优势,还需要进行大量的实验,得到的实验效果可以进一步地支撑 idea 的优越性,这样更具有说服力。实验所使用的数据集作为实验的重要组成部分,我们往往需要对拿来的数据集进行数据预处理工作,因为通常使用的数据集是来自各行各业的数据,而一个数据集往往具有多个属性,每个属性的值是否使用的是同一量纲得到的,这往往是个问题,如果不是采用同一个量纲进行评价,得到的属性值放在一起进行运算,是否公正合理? 因此,数据归一化处理工作尤为重要,我们要将不同量纲的表达式变为无量纲,也就是将数据集的属性值变为纯量。Python 的 sklearn 包提供了归一化函数,可以方便地对数据集进行处理。 我们以https://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvmtools/datasets/binary.html 上面的数据集 fourclass 为例,对原始数据进行归一化处理。
1. 下载数据集
打开数据集网址,点击 fourclass 链接,可以看到数据是在网页页面上展示的,没有提供下载形式,这里的下载需要将数据复制下来保存到 txt 文本文件中。 新建文本文件可以命名为 fourclass.txt.
2. 归一化处理
观察我们下载的 fourclass 数据集,可以发现这是一个二维二分类数据集,也就是说只有两个属性,并且它的标签值分为两类。 以第一行数据为例,标签放在第一列,标签值为 +1 和 -1 两种;后两列为属性值,1:167.000000 2:178.000000 表示第一列属性值为 167.000000, 第二列属性值为 178.000000. 我们的目标是将属性值缩放到 (0,1) 之间,标签值放到最后一列。
2.1 读入文本
f = open(r"C:\Users\Desktop\fourclass.txt", 'r')
lines = f.readlines()
res = []
for i in lines:
line = i.split(' ')
res.append(line)
读入之后,可以对列表 res 进行遍历操作,观察 res 存放的数据。 列表 res 的元素类型是列表类型,res 是一个嵌套列表,本质上还是个列表。
2.2 处理文本值
处理文本值就是将标签列值为 " +1" 前面的 “+” 去掉,将属性列值前面的 “1:” 和 “2:” 去掉,将最后一列删掉,处理代码如下:
for i in range(len(res)):
res[i][0] = res[i][0].replace('+','')
res[i][1] = res[i][1][2:]
res[i][2] = res[i][2][2:]
data = np.array(res)[:,:-1]
处理完成之后,再将 data 的内容进行打印出来。 通过观察我们可以发现,属性值和标签值都得到了处理。
2.3 使用归一化函数
minMax = MinMaxScaler()
data = np.hstack((minMax.fit_transform(data[:, 1:]), data[:, 0].reshape(data.shape[0], 1)))
在归一化时,我们需要使用 MinMaxScaler() 函数,这是一个归一化相关的函数。 其中,minMax.fit_transform(data[:, 1:]) 是将 data 数组从第二列开始进行归一化处理,属性值缩放到 (0,1) 之间。data[:, 0].reshape(data.shape[0], 1) 是将标签列单独抽出来,抽出来之后实际为一个一行多列的列表,而我们需要改变它的形状,转换成一列多行。np.hstack() 函数 是将两个数组在水平方向上平铺,目的就是将标签列拼接到属性列后面,放到 data 最后一列。 处理完成之后,可以打印一下 data 的内容。 这就是我们想要的数据,下一就是将数组存放为 mat 格式的文件了。
3. 存储为 mat 文件
其实,存储为 mat 格式的文件只需要一行代码就可以完成:
scipy.io.savemat('fourclass.mat', {'data': data})
但是,在存储之前我们还需先观察一下,data 中数据是否为整型或浮点型,因为字符串类型虽然可以存放到 mat 文件中,但是后续用于运算时必然会出现类型错误这样的异常。例如,我们就取第一列元素观察它的类型,观察数据类型的代码段如下:
for i in data:
print(type(i[0]))
打印之后,我们发现元素类型都为 numpy.str, 也就是我们通常理解的字符串类型,显然这是不满足要求的。 所以,正确的做法应该是,先将 data 所有元素转换为 浮点型,之后才可以进行存储为 mat 格式的文件。
data = data.astype(float)
scipy.io.savemat('fourclass.mat', {'data': data})
在存储时,savemat() 函数第一个参数是我们的文件名,第二个参数是一个字典,前面的 ‘data’ 是键,后面的 data 是我们的 numpy 数组。需要注意的是,这个键名非常重要,这决定你后面用 Python 读取生成的 mat 文件如何取值,建议就用 ’data‘ 键名即可,不要自己去定义其他名字。
4 总结
上面我们将每个子过程单独拆开进行处理,主要是为了方便大家理解。整个过程的代码如下:
import numpy as np
import scipy.io
from sklearn.preprocessing import MinMaxScaler
f = open(r"C:\Users\Desktop\fourclass.txt", 'r')
lines = f.readlines()
res = []
for i in lines:
line = i.split(' ')
res.append(line)
for i in range(len(res)):
res[i][0] = res[i][0].replace('+','')
res[i][1] = res[i][1][2:]
res[i][2] = res[i][2][2:]
data = np.array(res)[:,:-1]
minMax = MinMaxScaler()
data = np.hstack((minMax.fit_transform(data[:, 1:]), data[:, 0].reshape(data.shape[0], 1)))
data = data.astype(float)
scipy.io.savemat('fourclass.mat', {'data': data})
运行代码,我们可以看到生成一个 fourclass.mat 格式文件。至此,利用 Python 对数据集进行归一化处理,并存储为 mat 格式的文件操作全部结束,以后可以自己去按照类似的过程去处理数据集。
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