[Python知识库]nii文件python可视化并转化为gif

今儿刚好用的医学图像处理，看了一些博客，就封装了一下，把三维nii ，转化为 gif，懒得废话了，直接看代码的注释吧：

import cv2
import nibabel as nib
import numpy as np
from PIL import Image


def show_nii_gif(nii_file, save_path="array.gif", show_frame=True):
    """
    @Brife:
        将 shape=(arr_len, h, w) 的 nii 文件转化为 gif
    @Param:
        nii_file   : nii 文件的路径
        show_frame : 是否展示这是第几帧, 默认 True
        save_path  : 默认为当前路径的 array.gif 文件
    """
    
    # 调包加载 nii 文件
    img=nib.load(nii_file)
    # 转化成 numpy.ndarray 的格式
    img_arr = img.get_fdata()
    img_arr = np.squeeze(img_arr)
    
    # 找到最大最小值, 方便之后归一化
    img_max, img_min = img_arr.max(), img_arr.min()
    
    # 归一化
    img_arr = (img_arr - img_min) / (img_max - img_min) * 255
    img_arr = img_arr.astype(np.uint8)
    
    # 将单通道的灰度图转化为RGB三通道的灰色图, (不转化这一步, 没法写字)
    img_RGB_list = [cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_GRAY2BGR) for img in img_arr]
    
    assert 3==len(img_arr.shape) # 如果是别的shape的, 那处理不了
    
    arr_len, h, w = img_arr.shape
    
    if show_frame:
        # 在每一帧上打上这是第几帧
        for i in range(arr_len):
            
            img_RGB_list[i] = cv2.putText(img_RGB_list[i], 
                                     '{:>03d}/{:>03d}'.format(i+1, arr_len),
                                     (50, 50),
                                     cv2.FONT_HERSHEY_COMPLEX,
                                     1,
                                     (255, 255, 255),
                                     2)
    
    # 将所有的 ndarray 转化为 PIL.Image 格式
    imgs = [Image.fromarray(img) for img in img_RGB_list]
    
    # 保存
    # duration is the number of milliseconds between frames; this is 40 frames per second
    imgs[0].save(save_path, save_all=True, append_images=imgs[1:], duration=50, loop=0)


show_nii_gif(nii_file='IMG_0002.nii')

展示一哈：

参考了：

Python读取nii文件
https://blog.csdn.net/PKnotnull/article/details/80841410

用openCV在 array 上写字：
https://blog.csdn.net/GAN_player/article/details/78155283

灰度图直接转化为三通道灰度图：
https://blog.csdn.net/llh_1178/article/details/77833447

Python字符串格式化，"{:>03d}" 死活记不住hhh [向右对齐，并用0补充]
https://www.runoob.com/python/att-string-format.html

将ndarray的照片生成git
https://stackoverflow.com/questions/63047707/how-do-i-convert-a-numpy-array-to-a-gif

Matplotlib 保存gif （这次没有用上，几年前第一次用，就感觉是个老麻烦的东西，hhh）
https://blog.csdn.net/qq_28888837/article/details/85778395

Python skimage 库安装：
https://blog.csdn.net/j_starry/article/details/100192206