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微生物的质谱鉴定是一种基于细菌全细胞蛋白质组指纹图谱分析的技术，与Sherlock全自动微生物鉴定系统的细胞脂肪酸成分分析相类似，质谱分析亦需要通过专门的数据分析和专家系统对未知细菌的特殊蛋白图谱与菌种文库中收集的菌种蛋白质组指纹图谱进行比较。由于微生物质谱分析的蛋白质大分子适合于飞行时间质量分析器（time-of-flight analyzer），因此，微生物的质谱鉴定被统称为基质辅助激光解吸电离的飞行时间质谱技术（matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry，MALDI-TOF MS）。MALDI-TOF MS能直接对微生物的蛋白质混合物进行分析，具有适应范围广、准确、灵敏、特异、鉴定快速、高通量、经济实惠等优点，对于微生物的菌种的鉴定具有革命性的重大意义。 参考TSU.TW原文：https://www.tsu.tw/edu/7812.html
原理为:激光激发靶板上的细菌与基质让细菌的蛋白在真空的飞行管中。检测器通过检测蛋白飞行时间的不同来建立一个曲线图谱进而与数据库中的信息比对，得出可能的菌的种。
结果解读:目前微生物室使用的质谱都为此类，结果一般按照系统比对情况按照评分列出名单，一般为评分最高的最有可能(但要保证评分1.5/1.6以上才可取用，且评分规则为国际上的标准)。
以目前市场上的两款产品BD布鲁克公司与梅里埃公司所生产的产品为例。:BD建议评分为2.0。梅里埃与国际上大部分专家相同取用1.8。(评分越高可信度越强。)
质谱结果好坏还与数据库的多少，分辨率…有关。(目前这两方面来说BD完全碾压梅里埃的产品)
质谱优缺点:
优点:操作简单，实验时间短，大大缩短了一级报告的时间。(BD公司给出的数据为全程20分钟即可，且符合实际操作结果。)
缺点:质谱归根结底为检测的蛋白质图谱。所以像大肠和志贺…此类都鉴定不好。
其他方面:因此设备极贵，更应注意设备在使用中的硬件耗材及常规耗材成本。
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