anaconda安装
这里我是使用课题组服务器,在服务器的/home/账户里安装anaconda。 本人的安装环境:本人在登录节点安装,最终的结果送到计算 节点运行。 1:首先要从网上下载anaconda.sh,这里大家登录anaconda官网寻找对应的版本 链接:https://pan.baidu.com/s/1D0ooJFHvmz5ZIzqkIoXt2w 提取码:hz3s 上面是本人使用的sh文件,网盘自己取。 强烈建议找一个网好的地方下载,这个sh文件需要传到linux里面才能使用,中途不能断网 这个生成的python版本是3.9,这个python可以跑不带pytorch的代码,但是接下来我们要使用的pytorch对应的是3.8,如果读者想要3.8版本的python,读者自己可以去寻找3.8版本的sh文件。 其实安装anaconda的时候用3.9版本,安装pytorch建立虚拟环境使用3.8版本一点不冲突 然后输入命令:bash Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64 之后一路enter,yes就可以安装好anaconda了。 这个时候那个sh文件可以删除了。 键入命令anaconda,如果出现下面的代码行,说明安装成功了。
usage: anaconda [-h] [–disable-ssl-warnings] [–show-traceback] [-v] [-q] [-V] [-t TOKEN] [-s SITE] … anaconda: error: A sub command must be given. To show all available sub commands, run:
anaconda -h
但是其实顺利的话,应该不会出现找不到命令的情况。
创建虚拟环境
由于接下来我们要安装pytorch,这里必须要创建虚拟环境,根据我的要求,键入命令如下: conda create -n py38 python=3.8 然后一路yes,就可以创建虚拟环境名字为py38,这里的虚拟环境python版本是3.8。 激活虚拟环境命令是:conda activate py38,这样就可以激活命名为py38的虚拟环境
安装pytorch
接下来我们要在该虚拟环境下安装pytorch, 首先我们需要清华源镜像,pytorch官网的下载太慢了 根据链接添加链接描述
首先键入命令: conda activate py38进入虚拟环境 强烈建议先使用命令:conda clean -i 清除之前安装pytorch的缓存,然后再运行下面的命令 conda config --set show_channel_urls yes生成.condarc文件 然后把文件内容清除,替换为命令 channels:
- defaults
show_channel_urls: true default_channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels: conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud 替换完以后进入pytorch官网, 我选择中间这个 键入命令 conda install pytorch1.8.0 torchvision0.9.0 torchaudio==0.8.0 cudatoolkit=11.1 -c pytorch -c conda-forge 这样就可以自然安装好了 安装好了pytorch以后就可以直接使用了。 注意:我现在跑代码用的是计算节点,但是我的位置是登录节点,因此我需要写一个run.slurm文件来把代码搬到计算节点去跑。而这里的anaconda我是安装在了登录节点,这个是无关紧要的,因为不同的节点会共享内存。 run.slurm 确保gpu.py文件和run.slurm文件在同一个文件夹。
#!/bin/bash
#SBATCH --output=job_%j_%N.out
#SBATCH --partition=GPU
#SBATCH --job-name=papercode
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH -t 5:00
#python tset.py
python gpu.py
键入命令:sbatch run.slurm 等一会就会生成一个后缀为.out的文件,然后键入命令:cat XXX.out就可以查看运行结果。
有的服务器登录节点就是计算节点,类似上面安装完pytorch以后,就可以直接键入命令:python XXX.py跑代码 conda deactivate就是退出当前虚拟环境的命令,读者可以根据这个命令来回切换虚拟环境
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