RoseTTAFold安装——alphafold的平替(4)
今天周末,原本想在宿舍的,但是起床后发现没什么事情可以做的,而且在宿舍网不好,看剧运动都没那么称心如意。所以还是来实验室,发现自己在实验室再无聊也可以看看巡回检查组。昨天因为下雨回去的早,原本想在宿舍打拳的,结果发现打拳的视频太大了,在U盘上,笔记本上没有。不运动难受,就在宿舍黑人走路了,第一次黑人走路1个小时。运动完舒服了!今天下午回去的时候带上U盘回去打拳。周五中午去做了无氧,现在腿,屁股,胳膊全身酸爽,但是已经习惯做完无氧的酸爽感了。周末做做有氧吧!边看剧边黑人走路真香!
一 、log content
1. network.stderr
2. network.stdout
3. script.o
4. script.e
二、Error
刚开始没看脚本报的错,看了network.stderr以后,以为error是DGL backed not selected or invalid. assuming pytorch for now.using backend:pytorch 查了查资料,找解决方案,blog中写的解决方案是,在~/.dgl/config.json文档中,增加export GLBACKEND=“pytorch”,但是我打开自己的~/.dgl/config.json文档,如下,说明原本设置的就是pytorch 所以肯定不是这个问题。在看了script的error文件后,发现真正的错是自己没有create folding environment,看了一下自己之前的安装全过程,的确没有创建folding,害,真是粗心大意!(等回去重新编辑一下之前的blog)
cd /share2/pub/yangjy/yangjy/softs/RoseTTAFold/
conda env create -f folding-linux.yml
安装好了,继续running~
三、小结
遇到困难一定要迎难而上!最近看书有一些感悟,自己在思想上有一些转变!通常情况下,大家在解决问题的时候都在内心中规划:我要尝试克服困难!但其实尝试就是给自己以后问题失败找的一个合理的借口,在你想要尝试的时候,就已经注定你不会用12分力气去完成它。将来即使不成功,你也会将原因归于“我本来也只是试试,成功了更好,不成功也无所谓。”这在许多人口中称之为“佛系”,其实我一直不喜欢这个词,有些事情是可以抱有去试试的态度,但是真正有意义的事情就不应该是这种处理方式!
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