6.1K-means聚类
????K-means是一种将输入数据划分成k个簇的简单的聚类算法。K-means反复提炼初始评估的类中心,步骤如下: ????输入: 样本集D,簇的数目k,最大迭代次数N; ????输出: 簇划分(k个簇,使平方误差最小); ????1、以随机或猜测的方式初始化类中心
u
i
\pmb u_{i}
uui?,i=1…k; ????2、将每个数据点归并到离它距离最近的类中心所属的类
c
i
c_{i}
ci?; ????3、对所有属于该类的数据点求平均,将平均值作为新的类中心;(注:常用的距离度量方法包括:欧几里得距离和余弦相似度。两者都是评定个体间差异的大小的。欧几里得距离度量会受指标不同单位刻度的影响,所以一般需要先进行标准化。余弦相似度倾向给出更优解。) ????4、重复步骤2和3直到收敛。 ????K-means试图使类内总方差最小:
V
=
∑
i
=
1
k
∑
x
i
∈
c
i
(
x
j
?
μ
i
)
2
V=\sum_{i=1}^{k}\sum_{\pmb x_{i}\in c_{i}}(\pmb x_{j}-\pmb \mu_{i})^{2}
V=i=1∑k?xxi?∈ci?∑?(xxj??μμi?)2
x
j
\pmb x_{j}
xxj?是输入数据,并且是矢量。为了避免初始化类中心时没选取好类中心初值所造成的影响,该算法通常会初始化不同的类中心进行多次运算,然后选择方差V最小的结果。 ????K-means算法最大的缺陷是必须预先设定聚类数k,如果选择不恰当则会导致聚类出来的结果很差。其有点是容易实现,可以并行计算,并且对于很多别的问题不需要任何调整就能直接使用。
6.1.1SciPy聚类包
????SciPy矢量量化包scipy.cluster.vq中有K-means的实现。 代码:
from scipy.cluster.vq import *
from numpy import *
from pylab import *
class1 = 1.5 * randn(100,2)
class2 = randn(100,2) + array([5,5])
features = vstack((class1,class2))
centroids,variance = kmeans(features,2)
"""
由于 SciPy 中实现的 K-means 会计算若干次(默认为 20 次),并为我们选择方差最
小的结果,所以这里返回的方差并不是我们真正需要的。
"""
code,distance = vq(features,centroids)
figure()
ndx = where(code==0)[0]
plot(features[ndx,0],features[ndx,1],'*')
ndx = where(code==1)[0]
plot(features[ndx,0],features[ndx,1],'r.')
plot(centroids[:,0],centroids[:,1],'go')
axis('off')
show()
结果: 分析: ????上图显示了原数据聚完类后的结果,绿色圆点表示聚类中心,预测出的类分别标记为蓝色星号和红色点。
6.1.2图像聚类
????文件selectedfontimeages.zip包含66幅来自该字体数据集fontinages的图像(为了便于说明这些聚类簇,选择这些图像做简单概述)。利用之前计算过的前40个主成分进行投影,用投影系数作为每幅图像的向量描述符。用pickle模块载入模型文件,在主成分上对图像进行投影,然后用下面的方法聚类: 代码:
from PCV.tools import imtools
import pickle
from scipy import *
from pylab import *
from PIL import Image
from scipy.cluster.vq import *
from PCV.tools import pca
imlist = imtools.get_imlist(r'E:\桌面\data\selectedfontimages\a_selected_thumbs')
im = array(Image.open(imlist[0]))
m, n = im.shape[:2]
imnbr = len(imlist)
print("The number of images is %d" % imnbr)
immatrix = array([array(Image.open(imname)).flatten() for imname in imlist], 'f')
V, S, immean = pca.pca(immatrix)
f = open(r'E:\桌面\data\selectedfontimages\font_pca_modes.pkl', 'wb')
pickle.dump(immean, f)
pickle.dump(V, f)
f.close()
imlist = imtools.get_imlist(r'E:\桌面\data\selectedfontimages\a_selected_thumbs')
imnbr = len(imlist)
with open(r'E:\桌面\data\selectedfontimages\font_pca_modes.pkl', 'rb') as f:
immean = pickle.load(f)
V = pickle.load(f)
immatrix = array([array(Image.open(im)).flatten() for im in imlist], 'f')
immean = immean.flatten()
projected = array([dot(V[:40], immatrix[i] - immean) for i in range(imnbr)])
projected = whiten(projected)
centroids, distortion = kmeans(projected, 4)
code, distance = vq(projected, centroids)
for k in range(4):
ind = where(code == k)[0]
figure()
gray()
for i in range(minimum(len(ind), 40)):
subplot(4, 10, i + 1)
imshow(immatrix[ind[i]].reshape((25, 25)))
axis('off')
show()
结果: 分析: ????程序中设定的聚类数k=4。我们可以试着改变其中的参数,比如主成分数目和k,观察聚类结果有何变化。
6.1.3在主成分上可视化图像
????为了便于观察上面是如何利用主成分进行聚类的,我们可以在一对主成分方向的坐标上可视化这些图像。一种方法是将图像投影到两个主成分上,改变投影为:projected = array([dot(V[[0,2]],immatrix[i]-immean) for i in range(imnbr)])。以得到相应的坐标(在这里 V[[0,2]] 分别是第一个和第三个主成分)。当然,也可以将其投影到所有成分上,之后挑选出需要的列。 代码:
from PCV.tools import imtools, pca
from PIL import Image, ImageDraw
from pylab import *
from PCV.clustering import hcluster
imlist = imtools.get_imlist(r'E:\桌面\data\selectedfontimages\a_selected_thumbs')
imnbr = len(imlist)
immatrix = array([array(Image.open(im)).flatten() for im in imlist], 'f')
V, S, immean = pca.pca(immatrix)
projected = array([dot(V[[1, 2]], immatrix[i] - immean) for i in range(imnbr)])
h, w = 1200, 1200
img = Image.new('RGB', (w, h), (255, 255, 255))
draw = ImageDraw.Draw(img)
draw.line((0, h / 2, w, h / 2), fill=(255, 0, 0))
draw.line((w / 2, 0, w / 2, h), fill=(255, 0, 0))
scale = abs(projected).max(0)
scaled = floor(array([(p / scale) * (w / 2 - 20, h / 2 - 20) + (w / 2, h / 2)
for p in projected])).astype(int)
for i in range(imnbr):
nodeim = Image.open(imlist[i])
nodeim.thumbnail((25, 25))
ns = nodeim.size
box = (scaled[i][0] - ns[0] // 2, scaled[i][1] - ns[1] // 2,
scaled[i][0] + ns[0] // 2 + 1, scaled[i][1] + ns[1] // 2 + 1)
img.paste(nodeim, box)
figure()
imshow(img)
axis('off')
img.save('D:\\CV\\pca_font.png')
show()
结果: 分析: ????左图用的是第一个和第二个主成分,右图用的是第二个和第三个成分。 ????这里,我们用到了整数或 floor 向下取整除法运算符 //,通过移去小数点后面的部 分,可以返回各个缩略图在白色背景中对应的整数坐标位置。可以很清楚地看到,二维投影后相似的字体图像距离较近。
6.1.4像素聚类
????将图像区域或像素合并成有意义的部分称为图像分割。单纯在像素水平上应用 K-means可以用于一些简单图像的图像分割,但是对于复杂图像得出的结果往往是毫无意义的。要产生有意义的结果,往往需要更复杂的类模型而非平均像素色彩或空间一致性。 ????下面在RGB三通道的像素值上运用K-means进行聚类: 代码:
from scipy.cluster.vq import *
from PCV.tools.imtools import imresize
from pylab import *
from PIL import Image
from matplotlib.font_manager import FontProperties
font = FontProperties(fname=r"c:\windows\fonts\SimSun.ttc", size=14)
def clusterpixels(infile, k, steps):
im = array(Image.open(infile))
dx = im.shape[0] // steps
dy = im.shape[1] // steps
features = []
for x in range(steps):
for y in range(steps):
R = mean(im[int(x * dx):int((x + 1) * dx), int(y * dy):int((y + 1) * dy), 0])
G = mean(im[int(x * dx):int((x + 1) * dx), int(y * dy):int((y + 1) * dy), 1])
B = mean(im[int(x * dx):int((x + 1) * dx), int(y * dy):int((y + 1) * dy), 2])
features.append([R, G, B])
features = array(features, 'f')
centroids, variance = kmeans(features, k)
code, distance = vq(features, centroids)
codeim = code.reshape(steps, steps)
codeim = imresize(codeim, im.shape[:2])
return codeim
k = 3
infile_empire = 'D:\\CV\\empire.jpg'
im_empire = array(Image.open(infile_empire))
infile_boy_on_hill = 'D:\\CV\\boy_on_hill.jpg'
im_boy_on_hill = array(Image.open(infile_boy_on_hill))
steps = (50, 100)
print(steps[0], steps[-1])
figure()
subplot(231)
title(u'原图', fontproperties=font)
axis('off')
imshow(im_empire)
codeim = clusterpixels(infile_empire, k, steps[0])
subplot(232)
title(u'k=3,steps=50', fontproperties=font)
axis('off')
imshow(codeim)
codeim = clusterpixels(infile_empire, k, steps[-1])
ax1 = subplot(233)
title(u'k=3,steps=100', fontproperties=font)
axis('off')
imshow(codeim)
subplot(234)
title(u'原图', fontproperties=font)
axis('off')
imshow(im_boy_on_hill)
codeim = clusterpixels(infile_boy_on_hill, k, steps[0])
subplot(235)
title(u'k=3,steps=50', fontproperties=font)
axis('off')
imshow(codeim)
codeim = clusterpixels(infile_boy_on_hill, k, steps[-1])
subplot(236)
title(u'k=3,steps=100', fontproperties=font)
axis('off')
imshow(codeim)
show()
结果:
分析: ????K-means 的输入是一个有 steps×steps 行的数组,数组的每一行有 3 列,各列分别为区域块 R、G、B 三个通道的像素平均值。为可视化最后的结果 , 用 SciPy 的 imresize() 函数在原图像坐标中显示这幅 steps×steps 的图像。参数 interp 指定插值方法;采用最近邻插值法,以便在类间进行变换时不需要引入新的像素值。K-means 标签的次序是任意的(在这里的标签指最终结果中图像的颜色)。正如看到的,尽管利用窗口对它进行了下采样,但结果仍然是有噪声的。如果图像某些区域没有空间一致性,则很难将它们分开,如图中小男孩和草坪的图。 ????实验过程中报错1:ImportError: cannot import name ‘imresize’ from ‘scipy.misc’ 通过查找资料发现这是由于Scipy.misc这个工具包已经在版本1.2.0以后停止使用了,使用PCV.tools.imtools中的imresize()函数来替代。 注意:PCV.tools.imtools中的imresize()函数只有两个参数,因此需要删除参数interp: ????报错2:TypeError: slice indices must be integers or None or have an index method 这是因为存在带除法的操作,“/”会生成浮点数,当“ []”中的数据变成了浮点数,不能作为数组下标。需要将除法符号 “/”更改成“//” 或者将数据 强制转换为int整型类型。
6.2层次聚类
????层次聚类(或凝聚式聚类)是另一种简单但有效的聚类算法,其思想是基于样本间成对距离建立一个简相似性树。 该算法首先将特征向量距离最近的两个样本归并为一组,并在树中建立一个”平均“节点,将这两个距离最近的样本作为该”平均“节点下的子节点;然后再剩下的包含任意平均节点的样本中寻找下一个最近的对,重复进行前面的操作。在每一个节点处保存了两个子节点之间的距离。遍历整个树,通过设定的阈值,遍历过程可以在比阈值大的节点位置终止,从而提取出聚类簇。 ????层次聚类算法根据层次分解的顺序分为:自下底向上和自上向下,即凝聚的层次聚类算法和分裂的层次聚类算法(agglomerative和divisive),也可以理解为自下而上法(bottom-up)和自上而下法(top-down)。分裂层次聚类采用的就是"自顶而下"的思想,先将所有的样本都看作是同一个簇,然后通过迭代将簇划分为更小的簇,直到达到某个终结条件(簇数目或者簇距离达到阈值)。凝聚层次聚类采用的是"自底向上"的思想,先将每一个样本都看成是一个不同的簇,通过重复将最近的一对簇进行合并,直到所有的对象满足簇数目。 ????在凝聚层次聚类中,判定簇间距离的两个标准方法就是单连接(single linkage)和全连接(complete linkage)。单连接,是计算每一对簇中最相似两个样本的距离,并合并距离最近的两个样本所属簇。全连接,通过比较找到分布于两个簇中最不相似的样本(距离最远),从而来完成簇的合并。还可以通过平均连接(average linkage)。使用平均连接时,合并两个簇所有成员间平均距离最小的两个簇。优势是可以通过绘制树状图(dendrogram),帮助我们使用可视化的方式来解释聚类结果。并且不需要事先指定簇的数量。
举例:基于全连接的凝聚层次聚类 ????1、主要包括下面几个步骤: ????2、获取所有样本的距离矩阵 ????3、将每个数据点作为一个单独的簇 ????4、基于最不相似(距离最远)样本的距离,合并两个最接近的簇 ????5、更新样本的距离矩阵 ????6、重复2到4,直到所有样本都属于同一个簇为止。
下面通过代码来实现上面的操作: 1、获取样本 ????随机产生6个样本,每个样本包含3个特征(x,y,z)。
import pandas as pd
import numpy as np
if __name__ == "__main__":
np.random.seed(1)
variables = ["x", "y", "z"]
labels = ["s1", "s2", "s3", "s4", "s5", "s6"]
data = np.random.random_sample([6, 3]) * 10
df = pd.DataFrame(data, columns=variables, index=labels)
print(df)
2、获取所有样本的距离矩阵 ????通过SciPy来计算距离矩阵,计算每个样本间两两的欧式距离,将矩阵矩阵用一个DataFrame进行保存,方便查看。
from scipy.spatial.distance import pdist,squareform
'''
pdist:计算两两样本间的欧式距离,返回的是一个一维数组
squareform:将数组转成一个对称矩阵
'''
dist_matrix = pd.DataFrame(squareform(pdist(df,metric="euclidean")),
columns=labels,index=labels)
print(dist_matrix)
3、获取全连接矩阵的关联矩阵 ????通过scipy的linkage函数,获取一个以全连接作为距离判定标准的关联矩阵。
from scipy.cluster.hierarchy import linkage
row_clusters = linkage(dist_matrix.values, method="complete", metric="euclidean")
clusters = pd.DataFrame(row_clusters, columns=["label 1", "label 2", "distance", "sample size"],
index=["cluster %d" % (i + 1) for i in range(row_clusters.shape[0])])
print(clusters)
4、绘制树状图 ????通过关联矩阵绘制树状图,使用scipy的dendrogram来绘制树状图。
from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram
import matplotlib.pyplot as plt
row_dendr = dendrogram(row_clusters, labels=labels)
plt.tight_layout()
plt.ylabel("欧式距离")
plt.show()
????通过上面的树状图,可以看到,首先是s1和s5合并,s4和s6合并,s2和s3合并,然后s2、s3、s4、s6合并,最后再和s1、s5合并。
图像聚类
????接下来完成一个基于图像颜色信息对图像进行聚类的例子。 创建文件hcluster.py,将下面代码添加进去:
from itertools import combinations
from pylab import *
class ClusterNode(object):
def __init__(self,vec,left,right,distance=0.0,count=1):
self.left = left
self.right = right
self.vec = vec
self.distance = distance
self.count = count
def extract_clusters(self, dist):
"""从层次聚类树中提取距离小于dist的子树簇群列表"""
if self.distance < dist:
return [self]
return self.left.extract_clusters(dist) + self.right.extract_clusters(dist)
def get_cluster_elements(self):
"""在聚类子树中返回元素的id"""
return self.left.get_cluster_elements() + self.right.get_cluster_elements()
def get_height(self):
"""返回节点的高度,高度是各分支的和"""
return self.left.get_height() + self.right.get_height()
def get_depth(self):
"""返回节点的深度,深度是每个子节点取最大再加上它的自身距离"""
return max(self.left.get_depth(), self.right.get_depth()) + self.distance
class ClusterLeafNode(object):
def __init__(self,vec,id):
self.vec = vec
self.id = id
def extract_clusters(self, dist):
return [self]
def get_cluster_elements(self):
return [self.id]
def get_height(self):
return 1
def get_depth(self):
return 0
def L2dist(v1,v2):
return sqrt(sum((v1-v2)**2))
def L1dist(v1,v2):
return sum(abs(v1-v2))
def hcluster(features,distfcn=L2dist):
"""用层次聚类对行特征进行聚类"""
distances = {}
node = [(ClusterLeafNode(array(f), id=i) for i, f in enumerate(features))]
while len(node) > 1:
closet = float('Inf')
for ni, nj in combinations(node, 2):
if (ni, nj) not in distances:
distances[ni, nj] = distfcn(ni.vec, nj.vec)
d = distances[ni, nj]
if d < closet:
closet = d
lowestpair = (ni, nj)
ni, nj = lowestpair
new_vec = (ni.vec + nj.vec) / 2.0
new_node = ClusterNode(new_vec, left=ni, right=nj, distance=closet)
node.remove(ni)
node.remove(nj)
node.append(new_node)
return node[0]
????可以通过PCV.clustering来导入hcluster模块,也可以直接导入我们上面创建的hcluster.py。 完整代码:
import os
from PCV.clustering import hcluster
from matplotlib.pyplot import *
from numpy import *
from PIL import Image
path = 'E:\\桌面\data\sunsets\\flickr-sunsets-small\\'
imlist = [os.path.join(path, f) for f in os.listdir(path) if f.endswith('.jpg')]
features = zeros([len(imlist), 512])
for i, f in enumerate(imlist):
im = array(Image.open(f))
h, edges = histogramdd(im.reshape(-1, 3), 8, normed=True, range=[(0, 255), (0, 255), (0, 255)])
features[i] = h.flatten()
tree = hcluster.hcluster(features)
clusters = tree.extract_clusters(0.23 * tree.distance)
for c in clusters:
elements = c.get_cluster_elements()
nbr_elements = len(elements)
if nbr_elements > 3:
figure()
for p in range(minimum(nbr_elements, 20)):
subplot(4, 5, p + 1)
im = array(Image.open(imlist[elements[p]]))
imshow(im)
axis('off')
show()
hcluster.draw_dendrogram(tree, imlist, filename='sunset.pdf')
结果: 用100 幅日落图像进行层次聚类的示例聚类簇: 日落图像聚类后的树状图: 分析: ????树状图的高和子部分由距离决定,随着坐标向下传递到下一级,会递归绘制出这些节点,上述代码用 20×20 像素绘制叶节点的缩略图,使用 get_height() 和 get_depth() 这两个辅助函数可以获得树的高和宽。最后展示了日落图像层次聚类后的树状图。可以看到,树中挨的相近的图像具有相似的颜色分布。 ????同样可以对前面的字体创建一个树状图:
tree = hcluster.hcluster(projected) hcluster.draw_dendrogram(tree, imlist, filename=‘fonts.png’)
6.3谱聚类
????谱: 方阵作为线性算子,它的所有特征值的全体统称为方阵的谱。方阵的谱半径为最大的特征值。矩阵
A
\pmb A
AA的谱半径是矩阵
A
T
A
\pmb A^{T}\pmb A
AATAA 的最大特征值。 ????谱聚类: 是一种基于图论的聚类方法,通过对样本数据的拉普拉斯矩阵的特征向量进行聚类,从而达到对样本数据聚类的谱。谱聚类可以理解为将高维空间的数据映射到低维,然后在低维空间用其它聚类算法(如K-Means)进行聚类。 ????谱聚类的过程: 给定一个n×n的相似性矩阵
S
\pmb S
SS,
s
i
j
s_{ij}
sij?为相似性分数,可以创建一个矩阵,称为拉普拉斯矩阵:
L
=
I
?
D
?
1
/
2
S
D
?
1
/
2
\pmb L=\pmb I-\pmb D^{-1/2}\pmb S\pmb D^{-1/2}
LL=II?DD?1/2SSDD?1/2 其中,
I
\pmb I
II是单位矩阵,
D
\pmb D
DD是对角矩阵,对角线上的元素是
S
\pmb S
SS对应行元素之和,
D
=
d
i
a
g
(
d
i
)
,
d
i
=
∑
j
s
i
j
D=diag(d_{i}),d_{i}=\sum_{j}s_{ij}
D=diag(di?),di?=∑j?sij?。拉普拉斯矩阵中的
D
?
1
/
2
\pmb D^{-1/2}
DD?1/2为:
D
?
1
/
2
=
[
1
d
1
1
d
2
?
1
d
n
]
\pmb D^{-1/2}=\begin{bmatrix} \frac{1}{\sqrt{d_{1}}} & & & \\ & \frac{1}{\sqrt{d_{2}}} & & \\ & & \ddots & \\ & & & \frac{1}{\sqrt{d_{n}}} \end{bmatrix}
DD?1/2=?
??d1?
?1??d2?
?1????dn?
?1???
?? ????为了使表述更简洁,对于相似性矩阵中的元素
s
i
j
s_{ij}
sij?,使用较小的值并且要求
s
i
j
≥
0
s_{ij}≥0
sij?≥0(在这种情况下,距离矩阵可能更合适)。 ????计算
L
\pmb L
LL的特征向量,并使用k个最大特征值对应的k个特征向量,构建出一个特征向量集,从而可以找到聚类簇。创建一个矩阵,该矩阵的各列是由之前求出的k个特征向量构成,每一行可以看作一个新的特征向量,长度为k。本质上,谱聚类算法是将原始空间中的数据转换成更容易聚类的新特征向量。
谱聚类的优点: ????1、仅仅需要输入相似性矩阵,并且可以采用所想到的任何度量方式构建该相似性矩阵。正如,K-means和层次聚类需要计算特征向量求平均;而对于谱聚类,特征向量没类别限制,只要有一个“距离”或者“相似性”的概念即可。 ????2、当聚类的类别个数较小的时候,谱聚类的效果会很好,但是当聚类的类别个数较大的时候,则不建议使用谱聚类; ????3、谱聚类算法使用了降维的技术,所以更加适用于高维数据的聚类; ????4、谱聚类算法建立在谱图理论基础上,与传统的聚类算法相比,它具有能在任意形状的样本空间上聚类且收敛于全局最优解。
谱聚类的缺点: ????1、谱聚类对相似度图的改变和聚类参数的选择非常的敏感; ????2、谱聚类适用于均衡分类问题,即各簇之间点的个数相差不大,对于簇之间点个数相差悬殊的聚类问题,谱聚类则不适用。
下面使用拉普拉斯矩阵的特征向量对字体图像进行谱聚类: 代码:
from PCV.tools import imtools, pca
from PIL import Image
from pylab import *
from scipy.cluster.vq import *
imlist = imtools.get_imlist(r'E:\桌面\data\fontimages\a_thumbs')
imnbr = len(imlist)
immatrix = array([array(Image.open(im)).flatten() for im in imlist], 'f')
V, S, immean = pca.pca(immatrix)
projected = array([dot(V[[0, 1]], immatrix[i] - immean) for i in range(imnbr)])
n = len(projected)
S = array([[sqrt(sum((projected[i] - projected[j]) ** 2))
for i in range(n)] for j in range(n)], 'f')
rowsum = sum(S, axis=0)
D = diag(1 / sqrt(rowsum))
I = identity(n)
L = I - dot(D, dot(S, D))
U, sigma, V = linalg.svd(L)
k = 5
features = array(V[:k]).T
features = whiten(features)
centroids, distortion = kmeans(features, k)
code, distance = vq(features, centroids)
for c in range(k):
ind = where(code == c)[0]
figure()
gray()
for i in range(minimum(len(ind), 39)):
im = Image.open(imlist[ind[i]])
subplot(4, 10, i + 1)
imshow(array(im))
axis('equal')
axis('off')
show()
结果:
分析: ????在上面的实验中,用两两间的欧式距离创建矩阵S,并对k个特征向量用常规的K-means进行聚类。注意,矩阵V包含的是对特征值进行排序后的特征向量。然后,绘制出这些聚类簇。观察到,上面分别显示出了五类,根据不同的特征向量,将相同的类聚集起来,形成这些聚类图像。
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