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[大数据]MIMIC-IV-v2.0安装教程

更多关于mimic数据库的知识,欢迎大家关注我的公众号:科研杂录

一、获取数据库安装代码

目前官方Github还未更新MIMIC-IV-2.0数据库安装代码,很多小伙伴获取数据后不知如何安装。小编根据官方1.0的代码与2.0的更新内容修改了一份2.0版本的代码,在公众号“科研杂录”后台回复“mimic-iv-v2”即可免费获取

二、安装7-zip、Postgresql和Navicat

如果安装过这几个软件的就可以忽略该步骤。不知道如何安装7-zip、Postgresql和Navicat的小伙伴可以参考小编之前的文章

MIMIC IV数据库安装(上)

MIMIC IV数据库安装(中)

MIMIC IV数据库安装(下)

三、安装MIMIC-IV-2.0数据库

1. 打开SQL?Shell

连续回车四下,输入密码

2. 新建数据库

注意:如果之前安装过MIMICIV-1.0的同学,一定要新建一个不同于之前1.0名称的数据库,比如我之前的数据库名叫做mimiciv,那么我这次新建一个mimiciv2,否则会把原来1.0的数据覆盖!

create database mimiciv2 owner postgres;

3. 进入数据库

\c mimiciv2;

4.?设置2.0文件所在路径

注意:所下载的文件需要和官方一样,存在于hosp和icu文件夹下,这里注意不要解压(解压容易丢失数据),保持原来的.gz格式。没有数据的小伙伴可以联系小编。

与1.0一样,根据文件所在路径进行设置,注意斜杠的问题

# 根据实际情况修改路径
\set mimic_data_dir '.../.../mimic-iv-2.0'
# windows最好设置一下编码,也可以尝试不设置
\encoding 'utf8'

5.?运行安装代码?

# 创建表,注意修改文件路径,运行时有乱码不用管
\i .../build_mimiciv-2.0/create.sql

 \i .../build_mimiciv-2.0/load_7z.sql

大家熟悉的copy页面来了,还是和之前一样,如果30分钟copy没有新增,那么按下回车然后继续等待,等到29个copy完成,出现mimiciv2字样,数据便导入完成了,最后一步安装完索引即可。

# 安装索引
 \i .../build_mimiciv-2.0/index.sql

更多关于临床公共数据库挖掘相关知识可同时关注以下公众号?

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加:2022-06-23 00:55:58  更:2022-06-23 00:57:18 
 
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