FPGA可以简单理解为一大块SRAM，断电后里头的数据就消失了，所以就需要重新写入（JTAG模式）或者从外设ROM读入数据（AS或PS模式）。上电以后，FPGA通过MSEL管脚的电位情况来判断采用何种配置方式，最常用的是Active mode。（注: JTAG的优先级最高，所以不管是采用任何配置方式，接上USB BLaster照样可以写入新的数据。)
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| 配置方式 | 优点 | 缺点 |
| JTAG | 接上USB Blaster就 可以写到FPGA，结构简单 | 每次都要重写 |
| Active Serial | FPGA自己生成时钟，主动去读配置芯片的文件，结构简单 | 需要特殊的配置芯片（比如EPCS ,EPCQ） |
| Active? Parallel Passive? Serial FPP | 读取外设文件速度快 | 需要控制电路（比如CPLD，MCU） |
最常用的就是
1. 通过JTAG把编译生成的SOF文件写入FPGA进行调试。（如果要观察内部动作情况可以用signaltap）
2. 调试好之后，把SOF文件转换为JIC文件，通过JTAG口写到配置芯片，配置成AS模式。
| 文件 | 简介 | 方式 |
| SOF | 编译过程中生成，由JTAG写入FPGA，断电丢失 | JTAG |
| POF | 编译过程中生成，由ASP口（10管脚）直接写到串行配置芯片，断电不丢失 | AS |
| JIC | 需要使用Quartus II软件的“Convert Programing File”功能将sof文件转换得到，由JTAG口搭桥FPGA写入配置芯片，断电不丢失 | AS |