首先什么是时钟
众所周知，stm32有众多时钟，那么回到最基本的，什么是时钟呢，那么简单来说，时钟就像是单片机的脉搏，是单片机的驱动源，使用任何一个外设都必须打开相应的时钟。每个时钟一到，系统都会处理一步数据，这样才能让工作不出现紊乱。
时钟产生的原理
简单的说，没有晶振就没有时钟周期，就无法执行程序代码，单片机就无法工作。它主要是由石英晶体做成的，它和外电路产生谐振，用来控制CPU的时钟频率，也就是产生高低电平的周期，一般来说，频率越高处理速度越快。
单片机工作时，是一条一条地取指令，然后一步步地执行。单片机访问一次储存器的时间，称为一个机器周期，这是一个时间基准。一个机器周期包括12个时钟周期。如果单片机选择了12MHz的晶振，它的时钟周期就是1/12us，它的机器周期就是12*（1/12）us，也就是1us访问一次存储器。
为什么要设置不同的时钟呢
首先，任何外设都需要时钟，51单片机，stm32等等。51单片机不需要配置时钟，是因为一个时钟使能之后所有相关的功能都可以用了，而这个时钟是默认开启的。stm32是低功耗的，它将所有的始终都默认设置为disable状态，在你需要用哪个时钟的时候，开哪个时钟就可以，也就是说用到什么外设，只要打开对应外设的时钟就可以，其他的没用到的就还是disable，这样能耗就会减少。
用一个简单的比喻来形容，单片机的资源就好比一个水库里的水，不同的时钟就好比很多个门，每个门都能出水，时钟可以是认为门的开关。在51单片机中一个时钟就把所有用到时钟的外设都控制了，而stm32的时钟是有分工的，而且每类时钟的频率不一样，因为没必要所有时钟都是最高频率的，只要够用就行了，就好比一个门分出来的水流的大小，你只要洗个脸，但是出来的是像洪水一般的水流，那就尴尬了，消耗能源也多，所有不同的时钟会有频率差别，或者在配置的时候可以配置时钟分频。
stm32中时钟的分类
在STM32F1中，有五个时钟源，为HSI、HSE、LSI、LSE、PLL。
外部时钟
- 高速外部时钟（HSE）：外部时钟源，晶振频率可取范围为4~16MHz，我们一般采用8MHz的晶振。
- 低速外部时钟（LSE）：外部时钟源，主要提供给实时时钟模块，所以一般采用32.768KHz。
内部时钟
- 高速内部时钟（HSI）：由内部RC振荡器产生，频率为8MHz，但不稳定。
- 低速内部时钟（LSI）：由内部RC振荡器产生，也主要提供给实时时钟模块，频率大约为40KHz。
PLL时钟
- Phase Lock Loop 为锁相环倍频输出，其时钟输入源可选择为HSI/2、HSE或者HSE/2。倍频可选择为2~16倍，但是其输出频率最大不得超过72MHz。
时钟树理解
对于stm32f4的板子
1、LSI低速内部时钟：由内部RC振荡器产生，频率为32kHz。如图区域①；
2、HSI高速内部时钟：由内部RC振荡器产生，频率为16MHz。如图区域②；
3、LSE低速外部时钟：一般由外部晶振提供，频率为32.768kHz。如图区域③；
4、HSE低速外部时钟：一般由外部晶振提供，频率为4~26MHz。如图区域④；
5、主PLL时钟：由HSE或HSI提供。如图区域⑤；
6、PLLI2S时钟：由HSE或HSI提供。如图区域⑥；
时钟的流向
我们已经知道了各个时钟源的输入，那么有了输入的时钟源，各个时钟源又是分别输出给哪些外设工作。我们分别从时钟源输入处开始，根据走线和结点，寻找到相应的输出。对应编号如下图中所示。
1、LSI低速内部时钟：供给独立看门狗⑴、实时时钟RTC⑵
2、HSI高速内部时钟：供给系统时钟⑸、时钟输出1MCO1⑷、主PLL时钟⑹、PLLI2S时钟⑺
3、LSE低速外部时钟：供给实时时钟RTC⑵、时钟输出1MCO1⑷
4、HSE低速外部时钟：供给系统时钟⑸、实时时钟RTC⑵、主PLL时钟⑹、PLLI2S时钟⑺、时钟输出1MCO1⑷、时钟输出2MCO2⑶
5、主PLL时钟：供给系统时钟⑸、外设时钟⑻、时钟输出1MCO1⑷、时钟输出2MCO2⑶
6、PLLI2S时钟：：供给I2S时钟⑼、时钟输出1MCO1⑷、时钟输出2MCO2⑶
HSI、HSE、主PLL时钟都可以供给系统时钟⑸，STM32的很多外设是挂载在AHB、APB总线桥上的，这些外设的时钟又是怎么样的，这就和系统时钟的流向有关了，系统时钟的流向分析如下：
1、供给时钟输出2MCO2⑶
2、供给以太网PTP时钟⑽
3、经AHBPRESC预分频器⑾后：HCLK到AHB总线、内核、存储器和DMA⒁，到Cortex系统定时器⒂，自由运行时钟⒃
4、经AHBPRESC预分频器⑾、APBxPRESC预分频器⑿后：供给APBx外设时钟⒄
5、经AHBPRESC预分频器⑾、APBxPRESC预分频器后⑿，再经倍频条件判断⒀处理后：供给APBx定时器时钟⒅
在程序中的配置
不同寄存器的作用具体说明参考《stm32 Reference manual》
时钟总结
1：STM32共有5个时钟源。
2：系统始终SYSCLK可来源于三个时钟源：
- HSI振荡器时钟
- HSE振荡器时钟
- PLL时钟
3：用户可以通过多个预分频器配置AHB，高速APB（APB2）和低速APB（APB1）域的频率。AHB和APB2的最大频率是72MHz。APB1的最大允许频率是36MHz。
4：当不被使用时，任意一个时钟源都可以被独立地启动或关闭，由此优化系统功耗。
参考：链接1 链接2