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我在使用rdkit解析pdb文件的时候，就遇到了这个问题，这个问题其实前人有好多遇到的，我在git上找到了相关原因，但是git上并没有给一个比较明确的解决办法，关于报这个错误的原因的就不解释了，大家想知道的点下面的连接：
https://github.com/ReactionMechanismGenerator/RMG-Py/issues/1278
git上不去的点下面的连接
https://sourceforge.net/p/rdkit/mailman/message/23861634/
错误代码：
pdb=MolFromPDBFile(r'/home/qin/Desktop/modify_pdb/1PPE_r_u.pdb.ms')
atom_coordinates = pdb.GetConformers()[0].GetPositions()
解决方案是将这个函数里面的这些参数加上
(其实加的这些参数是我更改好的，作用就是遇到这种错误的时候解决解析，而不直接返回None)
pdb=MolFromPDBFile(r'/home/qin/Desktop/modify_pdb/1PPE_r_u.pdb.ms',sanitize=True,removeHs=True,flavor=0,proximityBonding=False)
atom_coordinates = pdb.GetConformers()[0].GetPositions()
想了解这些参数的话就直接按着Ctrl点进去看就OK
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