RoseTTAFold安装——alphafold的平替

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RoseTTAFold安装——alphafold的平替

终究还是错付了，我尽心尽力的尝试了alphafold的各种情况但是都没有成功。只要思想不退步，办法总比困难多！另辟蹊径——师兄出招，用平替！总不能止步不前吧，那个正版的alphafold等我过几天再学习一下docker吧，担心老板最近要找我问进度，也得有个东西呀！
随笔记录！

1. 下载GitHub package

git clone https://github.91chi.fun/https://github.com/RosettaCommons/RoseTTAFold.git

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2. 创建环境

conda env create -f RoseTTAFold-linux-cu101.yml

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3. 下载network的权重

wget https://files.ipd.uw.edu/pub/RoseTTAFold/weights.tar.gz

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4. 安装第三方软件

./install_dependencies.sh

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5. 下载数据——大！

# uniref30 [46G]
wget http://wwwuser.gwdg.de/~compbiol/uniclust/2020_06/UniRef30_2020_06_hhsuite.tar.gz
mkdir -p UniRef30_2020_06
tar xfz UniRef30_2020_06_hhsuite.tar.gz -C ./UniRef30_2020_06

# BFD [272G]
wget https://bfd.mmseqs.com/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt.tar.gz
mkdir -p bfd
tar xfz bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt.tar.gz -C ./bfd

# structure templates (including *_a3m.ffdata, *_a3m.ffindex) [over 100G]
wget https://files.ipd.uw.edu/pub/RoseTTAFold/pdb100_2021Mar03.tar.gz
tar xfz pdb100_2021Mar03.tar.gz
# for CASP14 benchmarks, we used this one: https://files.ipd.uw.edu/pub/RoseTTAFold/pdb100_2020Mar11.tar.gz