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[系统运维]HiCExplorer使用笔记

刚刚考上研究生的生信小白,终于在各种查资料然后尝试下成功在Ubuntu上下载HiCExplorer!要自己记录一下,呜呜呜!

下载流程:

1.首先需要下载Ubuntu,在Ubuntu中下载miniconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh

2.bash安装miniconda

bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh

3.根据提示安装,之后再

source ~/.bashrc

4.之后添加所需要的channels(之前下载的时候安装了一些清华源等等,在下载HicExplorer时这些源中都不包含,只在Bioconda中含有)

  conda config --add channels r
 conda config --add channels bioconda

5.查看channels

conda config --get channels

6.安装HiCExplorer

conda create -n hicexplorer python=3.7
conda activate hicexplorer
conda install hicexplorer

?Bioconda只能在Linux系统或者虚拟机例如Ubuntu你中安装成功,一开始在windows下的anconda下总是出现错误,会报错。之后使用Ubuntu后开始还是报错,后来使用下面这条命令

conda config --set channel_priority flexible

还有更新了conda之后就可以使用啦!!

之后的使用直接conda activate hicexplorer就可以运行啦!

之后继续跟着https://hicexplorer.readthedocs.io/en/latest/index.html学习。

感谢之前看到的各种问题我解决的帖子。。。

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加:2021-07-25 16:17:28  更:2021-07-25 16:17:47 
 
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