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[系统运维]KVell 单机k/v引擎:用最少的CPU 来调度Nvme的极致性能

前言

这是SOSP’19 中 结合NVMe-ssd 推出的高性能 单机K/V 存储的设计。让大家眼前一亮的是它对 on NVME单机存储性能瓶颈的探索 以及 解决性能瓶颈问题的几点思考,值得学习。

而且 最近也在做 on-nvme 的hash-engine,也跑了一下论文中的代码 并且 大体翻了一遍其中对nvme的优化设计,觉得还是有很多可以借鉴学习的。 实际的测试结果呢,64core cpu + 3T 三星nvme下,仅用8个worker,2个模拟的disk,就能跑满整个写带宽/读带宽,而且cpu的话也就8个core(8个worker) + 4个core(ycsb会起4个分发请求的线程),cpu还有大量的空闲(52个core)。而想要跑到这样的吞吐,rocksdb/wt 在我这个环境下需要至少60%的cpu。

在看到这个测试数据和论文中的差异并不是特别大的时候就很感兴趣了,所以就仔细看了一些论文中提到的设计细节并扒了对应的代码,在本文这里做一个简短的总结。

KVell 提出的主体的 单机 on-nvme 的k/v存储 设计原则是:

  1. Shared-nothing。所有的数据结构的操作(内存/磁盘)都绑定在指定的cpu core上处理,这样整个操作链路能够实现无锁化。
  2. Do not sort on disk, but keep indexes in memory。在磁盘上的数据存储是无序的,内存中的部分有序的索引的存在只是为了加速scan的性能。
  3. Aim for fewer sys calls, not for sequential I/O。磁盘的随机访问已经接近顺序访问的性能,可以通过batch 操作尽可能得避免系统调用,从而减少cpu的开销。
  4. No commit log。不需要wal,数据落盘再更新索引,能够避免WAL 的I/O开销。

KVell背景

磁盘性能是越来越快了。

从hdd --> sata ssd --> nvme ssd --> optane ssd --> optane pmem ,不论是带宽还是延时,都在以量级的方式不断得被优化。

在这里插入图片描述

而且,从 Nvme-ssd 开始,随机I/O 和 顺序I/O 的性能差异并没有那么大了,甚至基本接近。
在这里插入图片描述

那rocksdb/wiredtiger 到现在也快10年了,他们当时推出的是on-sata ssd的 k/v设计,不论是append-only b-tree 还是 append-only lsm-tree的提出, 其实都是因 随机I/O 和顺序I/O 之间有较大的性能差异。而从nvme协议推出之后,两者之间的性能差异并没有那么大了, 还是用之前的存储引擎架构,并无法完全发挥硬件性能。

在这个硬件环境的背景下,KVell 就是为了当前nvme及更高性能的磁盘 设备设计的高性能 k/v 存储。

业界引擎使用Nvme的问题

lsm-tree 和 b-tree 是主要的单机存储引擎的架构。而在如今的高性能硬件中(Optane nvme-ssd / Optane pmem),cpu 将是这两种架构引擎的主要瓶颈。

CPU 会是 LSM-kv 存储的瓶颈

LSM 为了保证写性能,使用了Append-only,又为了不降低读性能,又维护了on磁盘的一个全序 k/v。所以需要compaction来解决 append-only 引入的key多版本问题 并且还需要继续维持全序结构。在KVell的测试中,在数据量足够大且key-range 重叠度较高的时候 compaction会消耗60%的cpu,而其中28% 消耗在归并排序,15% 消耗在创建index-filter/bloom filter, 剩下的才是I/O操作。所以,在LSM-tree中,因为compaction的存在,新型存储介质中 cpu是一定会先到瓶颈。

CPU 也会是 Btree-kv 存储的瓶颈

B+ 树的数据是存放在叶子节点,而且叶子结点是有序的,中间一般通过双向链表链接,加速scan性能。索引存放在中间节点,大多数场景下,叶子结点都会被持久化,索引节点会在内存中。为了加速读取,减少I/O操作,也会维护一个cache,Update操作会先写入commit-log,再写入到cache,cache会有自己的evict操作,来将脏数据刷盘。

在Wired-tiger中,实际测试插入的时候发现47%的cpu会被消耗在busy-wait,因为wired-tiger的写请求是需要全局递增的一个seq-num,而这个seq-num 会通过锁机制保证唯一性,因为其分配不够快,多线程竞争下很多cpu就处于非常消耗cpu的busy-wait了。

在wiredtiger的Update的过程中cpu需要调度后台的 cache-evict,大概消耗12%的cpu,commit-log大概是5%,只有25%的cpu是在处理i/o,剩下的cpu还是处于busy-wait 去竞争那个唯一的seq-number来维持全序。

综上可见,不论是LSM-tree 还是 B-tree 都在维护自己的全序结构 以及 某一个方面的高性能(lsm-tree的append-only 的write性能 以及 b-tree cache的读性能)的同时牺牲了大量的cpu,从而导致在新型存储介质中无法让 这一些硬件的性能完全发挥出来(无法让他们在大压力下时刻处于峰值qps状态),这确实是对新型硬件存储的不尊重。。。

KVell 设计亮点 及 总体架构实现

KVell 大体架构如下:

在这里插入图片描述

每一个workthread 都有一套自己独立的内存结构和磁盘结构,不同workthread之间的操作互不影响。

来来来,我们一起看看KVell的设计亮点,如何用最少的CPU 完全发挥出硬件存储的性能,让他们时刻都在绽放属于自己的峰值光芒。(fio能跑出来的稳定上限性能)

KVell 设计亮点

1. Share nothing

这里是说kvell 允许用户指定不同的work thread,每一个work thread 会绑定一个cpu-core 来单独处理一批ke y。线程内部空间独享存储的key相关的数据结构如下:

  1. 轻量级的内存索引。能够支持从内存索引一个key到对应的磁盘位置上。
  2. I/O队列。支持高效的读取请求和写入请求 到磁盘。
  3. free list。管理磁盘块的部分列表,包含用于存储k/v 的空闲位置。
  4. a pagecache。自实现了一个类似于操作系统的Pagecache缓存page,加速热点读性能,而不是依赖操作系统本身的pagecache。

这个 shared-nothing 的架构是KVell 和其他 k/v 存储主要的一个差异,它独享自己的数据结构,从而避免了多线程之间同步数据结构的开销,尤其是NUMA架构下的跨NUMA的内存访问,对于多线程下的内存操作的性能影响还是很大的。

2. Do not sorted on disk, but keep indexes in memory

每一个workthread 维护的磁盘存储数据集是无序的,这样能够完全释放之前的LSM / B-tree 为了维护有序的磁盘数据结构而产生的CPU开销。

3. Aim for fewer syscalls , not for sequential I/O

KVell 的操作都是随机I/O,因为 on -nvme的随机I/O和顺序I/O的性能差不多,这个时候不需要消耗额外的CPU去维护顺序I/O。和 LSM-tree 的k/v存储一样,kvell也提供batch操作,不过kvell的目的是为了减少系统调用的次数,尽可能得减少线程陷入内核的次数。

如果想要让磁盘的吞吐维持在他们的峰值qps,那就需要让磁盘支持的队列深度有足够多的可调度的请求,这个时候batch-size的大小设置就需要trade-off,一般是小于磁盘的最大队列深度,否则会导致请求的排队时间过长,增加长尾延时。所以KVell 调度过程的建议是每一个workthread 只操作一个磁盘,因为不同的workthread之间是独立处理请求的,他们之间并不能感知对底层磁盘队列深度的压力。

当然,多个workthread 操作同一个磁盘的时候,可能需要一个比较合理的batch-size 来进行压力上限的调整。在热点场景下(频繁调度一个workthread)的时候, 自实现的内部pagecache能够扛住大多数的读请求,从而一定程度得减少了系统调用的I/O操作。

4. No commit log

KVell 的更新完成是指持久化的磁盘,并更新了内存的索引之后才会返回,这样的话也就不需要WAL的参与了。一旦一个请求已经提交给当前的workthread,那它会在下一个bacth中持久化到磁盘。通过移除了commit log,能够更进一步得由用户请求独占磁盘带宽。

而且KVell 在磁盘上的更新是随机写入(update场景直接更新对应的slab-file),并不会有为了解决 append-only产生的多版本问题 而 引入compaction 操作,所以磁盘资源基本都贡献给了上层的用户请求。

KVell 详细架构及实现

1. Client SDK

  • Update(K,V),当key-value被持久化到磁盘的时候才返回用户成功。
  • Get(K),返回一个最新版本key 对应的value
  • Scan(K1, K2),返回从K1到K2之间所有的keys-values.

2. 磁盘数据结构

KVell为了避免磁盘空间的碎片化,每一个写入的k/v请求都会按照其大小写入到不同的文件中,比如1K的kv对会写入到1K的文件中,200B的kv对会写入到专门存储200B的文件中。只不过最后的数据访问都是以磁盘page(一般的nvme-ssd默认是4K)为粒度进行访问的。

此时,如果访问的k/v数据是小于4K大小的,直接读对应的block即可,每一个item的存储都会有一个类似header的内容,包括这个item中的key-size,value-size 以及 key的timestamp,从而唯一标识一个key。这个timestamp 的好处除了支持snapshot/事物 之外 还可以在k/v数据大于4K的时候标识多个block属于当前k/v item。

3. 内存数据结构

因为索引结构都是在内存中,所以很明显的一个问题就是异常恢复的时候,需要扫描磁盘数据重建内存索引,这在数据量较大的时候会是分钟级别的重启时间。

3.1 index

通过上面的架构图可以看到,index是内存中的最上层。主要的作用是加速读场景下的数据索引,提升读性能。因为index不用持久化,所以可以做的很轻量,同时为了进一步支持Scan性能,Kvell的index 默认使用的是B-tree(高效的查找和scan)。

3.2 Page Cache

KVell维护了自己的page cache,采用的是LRU淘汰策略。支持缓存从磁盘中读上来的block,能够根据数据热度 加速热点场景的读性能,缩短读链路。关于这里使用 自实现的PageCache的原因如下:

多个workthread共享操作系统层级的page-cache会有I/O调度的性能问题,当page-cache发生缺页异常时,只能从一个磁盘调度读请求。而这里做成自实现的pagecache,在各自内部的workthread独享,则多个workthread可以同时读多个磁盘,这样能够完全利用整个操作系统的磁盘性能。

3.3 Free List

当一个k/v item从一个slab文件中删除之后,空闲的位置会被添加到free-list中,每一个slab文件会有一个对应的free-list,free-list的实现是双线链表。为了防止free-list占据内存过大,能够通过配置控制free-list最大缓存的空闲位置的个数。

Free-list的更新是按照队列的方式,从链表头部插入,链表尾部淘汰。

4. 高效的I/O调度

KVell 本身依赖linux 的aync I/O调度请求,每一次调度会batch 64个request一起进行调度,这个batch也可以自行配置。

Linux 本身除了AIO之外还有其他的I/O 调度方式:

  1. Mmap。这个调度本事会依赖os 的pagecache,对于KVell自实现的pagecache来说就没有必要了
  2. direct I/O。Direct I/O本身对性能不友好,无法使用cache进行加速。

这几种I/O 调度方式的性能对比如下:

在这里插入图片描述

可以看到,AIO在使用batch 方式调度请求的时候性能非常给力。

所以,KVell 高效调度I/O的优化策略如下:

  1. 自实现pagecache。这样的主要好处在前面介绍pagecache的时候已经说了,

    a. 能够多个workthread独享page-cache,从而达到同时利用不同的磁盘I/O。

    b. 同时,操作系统原生的pagecache在内存不足的时候会使用spinlock 进行页面的换出(防止其他线程读),这个锁代价在磁盘数据容量大于内存时会极大得消耗cpu资源。而自实现的pagecache因为是线程独享的,不需要这一些繁重的锁代价。

  2. 利用AIO + batch 调度请求。前面的性能表哥已经非常清晰得展示了AIO + batch得优势。之所以加batch是因为想要让磁盘繁忙起来,并时刻处于自己的峰值qps,则需要让磁盘待处理的请求的队列深度足够大(自己峰值qps时的队列深度即可)。而direct i/o 在一个workthread内部 一次只能处理一个,对磁盘来说此时的请求队列深度仅为1,远远无法发挥nvme磁盘的性能优势。

5. 请求调度的实现

5.1 Get
  1. Key hash到对应的workthread
  2. 读当前workthread的index(b-tree),确认key的value所在slab的page
  3. 读page-cache,如果这个page存在,则直接返回客户端
  4. 否则,将读请求放入到AIO 队列进行调度。

代码实现如下

在这里插入图片描述

5.2 Update
  1. 先读取取之前最新的key(从 index + page cache中读)
  2. 如果发现从index索引不到这个key,则这个update的key/value 是新的数据,直接通过AIO 调度写入
  3. 如果读到了,读上来的value大小和即将写入的value大小不匹配,则删除旧的item,将新的item写入到新的slab中。
  4. 如果读到了,value大小也匹配,则直接修改原地page-cache,并异步刷脏页。
  5. 如果page-cache没有读到,则调度AIO ,让Get请求入队进行后续的调度。

因为代码较长,大体的伪代码如下
在这里插入图片描述

5.3 Scan

Scan操作是KVell唯一一个需要跨不同的workthread的操作,大体就是根据输入的一批key,逐个进行Get操作,Get的话回hash到不同的workthread,当拿到对应的value之后会在多个workthread之间统一做一个聚合操作,返回一个value列表给用户。

性能测试

kvell性能

kvell本身自实现了ycsdb的几种workload,压测也是调度它本身的用户接口进行的。
YCSB的A,B,C,E的读比例是通过如下代码进行控制的:
在这里插入图片描述

在本地的测试中,因为没法利用多个磁盘,就只使用了一个磁盘来进行测试,也就是多个worker操作同一块磁盘。

改了一下 slab-on-disk 的文件路径为当前磁盘路径:
在这里插入图片描述

运行性能测试:

./main 1 8 # 使用1个disk,8个workthread

硬件:64core 5218至强CPU + 256G内存 + 三星nvme-ssd 3T
软件:value大小是1024B

最终的性能结果如下:
在这里插入图片描述

对应的磁盘I/O 基本已经到带宽上限(如下是纯写的场景)

在这里插入图片描述

对应的CPU仅仅占用了12个core,其中四个是ycsb的压测core,剩下的八个是开了8个workthread的消耗。

在这里插入图片描述

最关键的是延时和吞吐非常稳定,使用了最少的CPU将磁盘性能发挥到了极限。总之很明显,(1KB的value-size下)Rocksdb是完全无法稳定跑这个性能的,感兴趣的同学可以使用db_bench压测rocksdb上限 中最后的配置来简单测试一波就知道了。

kvell本身 pagecache的压测

$ ./benchcomponents
#Reserving memory for page cache...
(page_cache_init,29) [  1462ms] Page cache initialization
(bench_pagecache,21) [   139ms] Filling the page cache: 786432 ops, 5627460 ops/s

(bench_pagecache,30) [  3023ms] Accessing existing pages 10000000 ops, 3307935 ops/s

(bench_pagecache,39) [  8624ms] Accessing non cached pages 10000000 ops, 1159494 ops/s

Kvell 内存索引的压测

adaptive radix tree的压测性能是优于btree的,但是之所以选择b-tree作为默认索引,应该还是考虑了scan性能的问题。这里的测试仅仅是数据结构的点查,并不包括scan。

$ ./microbench
(bench_data_structures,227) [  9180ms] RBTREE - Time for 10000000 inserts/replace (1089267 inserts/s)
(bench_data_structures,234) [  8907ms] RBTREE - Time for 10000000 finds (1122661 finds/s)
(bench_data_structures,236) [388 MB total - 385 MB since last measure] RBTREE
(bench_data_structures,251) [  6779ms] RAX - Time for 10000000 inserts/replace (1475062 inserts/s)
(bench_data_structures,258) [  4248ms] RAX - Time for 10000000 finds (2353730 finds/s)
(bench_data_structures,260) [1152 MB total - 764 MB since last measure] RAX
(bench_data_structures,276) [  2959ms] ART - Time for 10000000 inserts/replace (3379450 inserts/s)
(bench_data_structures,283) [  1277ms] ART - Time for 10000000 finds (7825283 finds/s)
(bench_data_structures,285) [1782 MB total - 629 MB since last measure] ART
(bench_data_structures,298) [  5249ms] BTREE - Time for 10000000 inserts/replace (1905004 inserts/s)
(bench_data_structures,306) [  4710ms] BTREE - Time for 10000000 finds (2122852 finds/s)
(bench_data_structures,308) [1990 MB total - 208 MB since last measure] BTREE
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加:2021-08-06 10:14:35  更:2021-08-06 10:15:59 
 
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