Orthanc 编译安装

一、系统版本

服务器版本：Ubuntu 18.04.6 LTS

Orthanc版本：1.9.7

? 看官方手册，官方在Ubuntu/Debian系统源提供了预编译好的安装包，本来根据手册文档，使用 apt-get install 命令进行Orthanc安装，在后面安装 orthanc-mysql 插件的时候，发现在Ubuntu18中没有提供与编译好的 orthanc-mysql 插件，只有在20版之后的Ubuntu才有提供，所有就索性自己下载源码包编译安装。

二、搭建

1. 编译orthanc-server：

在官网https://www.orthanc-server.com/download.php下载源码包Orthanc-1.9.7.tar.gz，将其放在自定义系统目录中，如下：

# 创建系统目录，将源码包放置在改目录下
mkdir -p /data/orthanc

# 将源码包解压到当前目录下
cd /data/orthanc
tar -zxvf Orthanc-1.9.7.tar.gz

为系统安装依赖环境，为后续编译安装做准备：

# 更新安装包
sudo apt-get update

# 安装依赖
sudo apt-get install build-essential unzip cmake mercurial patch \
       	       	       uuid-dev libcurl4-openssl-dev liblua5.3-dev \
       	       	       libgtest-dev libpng-dev libsqlite3-dev libssl-dev \ 						   
       	       	       zlib1g-dev libdcmtk-dev libjpeg-dev python \
		               libboost-all-dev libwrap0-dev \
                       libcharls-dev libjsoncpp-dev libpugixml-dev locales

创建一个单独的目录存放编译文件，注意：编译目录和源码目录不要是同一个，否则会导致后面出错，需重新编译：

# 创建编译目录
mkdir -p /data/orthanc/Build

# 进入编译目录进行编译
cd /data/orthanc/Build

cmake -DALLOW_DOWNLOADS=ON \
        -DUSE_GOOGLE_TEST_DEBIAN_PACKAGE=ON \
        -DUSE_SYSTEM_CIVETWEB=OFF \
        -DDCMTK_LIBRARIES=dcmjpls \
        -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
        /data/orthanc/Orthanc-1.9.7/OrthancServer/
        
make

2. 编译 DICOMWeb插件：

在官网https://www.orthanc-server.com/browse.php?path=/plugin-dicom-web下载插件源码包OrthancDicomWeb-1.7.tar.gz，将其放在前面步骤创建的 /data/orthanc 目录中，创建存放插件文件夹：

# 创建插件文件夹
mkdir -p /data/orthanc/plugins

# 解压源码包道心创建的文件夹中
cd /data/orthanc
tar -zxvf OrthancDicomWeb-1.7.tar.gz -C ./plugins

解压完成后，进入解压完成的目录，直接在源码文件夹内进行编译：

cd /data/orthanc/plugins/OrthancDicomWeb-1.7/

cmake -DSTATIC_BUILD=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

make

编译完成后，可在编译的目录中看见插件文件 libOrthancDicomWeb.so ，记住该文件路径，后面启动Orthanc需要将该插件路径配置到配置文件中：

/data/orthanc/plugins/OrthancDicomWeb-1.7/libOrthancDicomWeb.so

3. 编译MySQL插件：

在官网https://www.orthanc-server.com/browse.php?path=/plugin-mysql下载插件源码包OrthancMySQL-4.3.tar.gz，将其放在前面步骤创建的 /data/orthanc 目录中，进入目录，将其解压到插件目录中：

cd /data/orthanc

tar -zxvf OrthancMySQL-4.3.tar.gz -C ./plugins

解压完成，进入解压目录进行编译，同DICOMWeb插件一致，直接在源码目录中编译即可：

cd /data/orthanc/plugins/OrthancMySQL-4.3/MySQL/

cmake -DSTATIC_BUILD=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

make

根据官网文件介绍，编译完成后会生成两个插件文件 libOrthancMySQLIndex.so 和 libOrthancMySQLStorage.so 两个插件文件：

libOrthancMySQLIndex.so 作用：将dicom文件的元数据存储到MySQL中，主要用于检索。

libOrthancMySQLStorage.so 作用：将dicom文件的文件数据存到MySQL中。

但是，我编译之后只看到了 libOrthancMySQLIndex.so 插件，没有libOrthancMySQLStorage.so 插件，可能是新版本官方移除了，但是手册没有更新。安装MySQL插件的目的是将元数据存放到mysql中，但是dicom文件还是使用服务器的文件系统，所以问题不大。同样记录 libOrthancMySQLIndex.so 的路径：

/data/orthanc/plugins/OrthancMySQL-4.3/MySQL/libOrthancMySQLIndex.so

4. 修改Orthanc配置文件：

进入 /data/orthanc/Orthanc-1.9.7/OrthancServer/Resources 目录，目录下有个配置文件 Configuration.json ，修改配置文件，注意下面几项内容即可：

// 服务名称
"Name" : "MyOrthanc"

// dicom文件存储路径
"StorageDirectory" : "/data/orthanc/storage",

// 索引数据库存储路径
"IndexDirectory" : "/data/orthanc/index",

// 插件配置
"Plugins" : [
  "/data/orthanc/plugins/OrthancDicomWeb-1.7/libOrthancDicomWeb.so",
  "/data/orthanc/plugins/OrthancMySQL-4.3/MySQL/libOrthancMySQLIndex.so"
],

// OrthancDicomWeb插件配置
"DicomWeb" : {
    "Enable" : true,            // Whether DICOMweb support is enabled
    "Root" : "/dicom-web/",     // Root URI of the DICOMweb API (for QIDO-RS, STOW-RS and WADO-RS)
    "EnableWado" : true,        // Whether WADO-URI (previously known as WADO) support is enabled
    "WadoRoot" : "/wado",       // Root URI of the WADO-URI (aka. WADO) API
    "Ssl" : false,              // Whether HTTPS should be used for subsequent WADO-RS requests
    "QidoCaseSensitive" : true,
    "StudiesMetadata" : "Full",
    "SeriesMetadata" : "Full",
    "StowMaxInstances" : 10,    // For STOW-RS client, the maximum number of instances in one single HTTP query (0 = no limit)
    "StowMaxSize" : 10,         // For STOW-RS client, the maximum size of the body in one single HTTP query (in MB, 0 = no limit)
    "QidoCaseSensitive" : true  // For QIDO-RS server, whether search is case sensitive (since release 0.5)
},

//Mysql插件配置
"MySQL" : {
    "EnableIndex" : true,  //使用mysql存储文件索引
    "EnableStorage" : false,  //使用mysql存储dicom文件
    "Host" : "localhost",    // For TCP connections (notably Windows)
    "Port" : 3306,           // For TCP connections (notably Windows)
    "UnixSocket" : "",  // For UNIX on localhost, Linux set to blank
    "Database" : "orthanc",
    "Username" : "root",
    "Password" : "root",
    "Lock" : false,            // 单个orthanc server独占数据库，如果使用多个orthanc server共享mysql数据库，必须关闭
    "EnableSsl" : false
},

// 允许远程访问
"RemoteAccessAllowed" : true,

// 配置访问用户名和密码
"RegisteredUsers" : {
    "orthanc" : "orthanc"
},

在本机安装好MySQL数据库，进入数据库控制台创建数据库：

mysql -uroot -proot

# 创建数据库
CREATE DATABASE `orthanc` CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;

# 开启Mysql超长索引字段
show variables like 'innodb_large_prefix'; 
set global innodb_large_prefix=1; 
show variables like 'innodb_file_format'; 
SET GLOBAL innodb_file_format=BARRACUDA; 
set global innodb_file_format_max=BARRACUDA;

创建目录文件夹：

# 创建dicom文件存储目录
mkdir -p /data/orthanc/storage

# 创建索引数据库存储目录
mkdir -p /data/orthanc/index

# 创建日志目录
mkdir -p /data/orthanc/logs

5. 启动关闭服务：

# 启动
cd /data/orthanc/Build
./Orthanc /data/orthanc/Orthanc-1.9.7/OrthancServer/Resources/Configuration.json > /data/orthanc/logs/orthanc.log 2>&1 &
s
# 关闭
./Orthanc stop
kill pid

访问 Orthanc Explorer http://localhost:8042/app/explorer.html 通过在配置文件中注册的用户名和密码进行认证。

6. 存储影像文件：

通过http接口存储：

# Basic 是“用户名:密码”的Base64编码
curl -X POST http://localhost:8042/instances --data-binary @IM0 -H "Authorization: Basic b3J0aGFuYzpvcnRoYW5j"

通过C-Store存储：

# 下载dcm4che-tool工具包，用storescu发送
storescu -c MyOrthanc@localhost:4242 文件路径

对接Viewer时，需要关注下面几点配置：

"name": "MyOrthanc",
"wadoUriRoot": "http://localhost:8042/wado",
"qidoRoot": "http://localhost:8042/dicom-web",
"wadoRoot": "http://localhost:8042/dicom-web",

7. 编译 Python 插件：

在官网https://www.orthanc-server.com/browse.php?path=/plugin-python下载插件源码包OrthancPython-3.4.tar.gz，将其放在前面步骤创建的 /data/orthanc 目录中，进入目录，将其解压到插件目录中：

cd /data/orthanc

tar -zxvf OrthancPython-3.4.tar.gz -C ./plugins

解压完成，进入解压目录进行，在解压目录下创建单独的编译目录：

cd /data/orthanc/plugins/OrthancPython-3.4

# 创建编译目录
mkdir Build

# 编译之前，需要安装Python3.7依赖
# 更新安装包
sudo apt-get update
sudo apt-get install libpython3.7-dev
sudo apt-get install python3.7

# 进行插件编译
cd ./Build

cmake .. -DPYTHON_VERSION=3.7 -DSTATIC_BUILD=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release

make

编译完成后，在编译目录存在编译后的文件 libOrthancPython.so , 记录该文件的位置，后面使用需要配置到Orthanc的配置文件中：

{
  "Plugins" : [ "/data/orthanc/plugins/OrthancPython-3.4/Build/libOrthancPython.so" ],
  "PythonScript" : "rest.py",
  "PythonVerbose" : false,
}

Python插件提供了丰富的回调函数，我们可以通过注册回调函数，进行认证等操作，详情请见官方手册https://book.orthanc-server.com/plugins/python.html

8. Nginx代理配置：

# Orthanc
location ^~ /orthanc/ {
	proxy_pass http://127.0.0.1:8042;
	proxy_set_header HOST $host;
	proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
	rewrite /orthanc(.*) $1 break;
	add_header 'Access-Control-Allow-Credentials' 'true';
	add_header 'Access-Control-Allow-Headers' 'DNT,X-CustomHeader,Keep-Alive,User-Agent,X-Requested-With,If-Modified-Since,Cache-Control,Content-Type';
	add_header 'Access-Control-Allow-Methods' 'GET, POST, OPTIONS';
	add_header 'Access-Control-Allow-Origin' '*';
}