新版CaImAn自动安装脚本
新版CaIman发布,实验室师兄师姐都说安不上,不想一个个帮忙安装,于是写了脚本,特此分享。 具体思路是用新建虚拟环境安装mamba,再用mamba创建caiman虚拟环境。也可直接参考代码自行安装。
前置要求
安装anaconda,并将conda加入环境变量,具体参考: Windows: Anaconda从下载到环境变量配置(windows) win10+python3下Anaconda的安装及环境变量配置 Linux: Linux设置anaconda的环境变量
Windows系统需安装支持bash软件: git bash WSL
脚本
#!/bin/bash
echo -n "Enter your Anaconda path(Example: “D:/Program Files (x86)/Anaconda/”):"
read condapath
oldplace=envs/test/envs/caiman
newplace=envs/caiman
echo $condapath$oldplace
activateplace=bin/activate
conda create -yn test
conda env list
conda install -n test -yc conda-forge mamba
source activate test
conda env list
mamba create -yn caiman -c conda-forge caiman
conda env list
cp -r "$condapath$oldplace" "$condapath$newplace"
conda env list
source activate "$condapath$newplace"
conda env list
conda remove -yn test --all
conda env list
caimanmanager.py install
Windows系统新建.txt文档,将以上代码粘贴进去,并更改拓展名为.sh,选择使用刚刚下载的git bash文件打开。 输入安装的Anaconda目录,使用右斜杠 / ,结尾处也需要 / ,安装目录前后需要加英文双引号 " " 。
Linux系统将同样创建.sh文件,右击在当前目录打开命令行
sh ./你的文件名.sh
同样输入anaconda目录,以 / 结尾。
可能问题及解决
下载时卡住
请参考更换conda源 conda换源 conda更换国内源
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED
出现该问题是因为验证出现问题,可通过修改conda配置文件解决 具体可参考: 『技术随手学』解决CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION 问题
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