phonopy 安装与使用说明
1. phonopy 使用说明
由于服务器已经安装了anaconda2，Linux系统中会自带一个Python2的环境，也就是（base）。
但是phonopy2.14.0版本需要python>=3.7.0，而且不能删除anaconda2，因此只能在虚拟环境中安装anaconda3。
但是直接从（base）环境进入（py3）环境后，输入python，显示python版本还是2.7.11，而不是3.7.0。
所以要先退出（base）环境，再进入（py3）环境。
Linux命令如下：
conda deactivate
source activate py3
phonopy
若显示如下，则说明可以使用phonopy。
进入POSCAR文件所在的文件夹下，执行扩胞命令，查看是否正常生成文件
cd ajq/Hg3B2O6/phonon/
phonopy -d --dim="3 3 1"
ls
不需要使用phonopy时，还需要恢复到原先的（base）环境。
conda deactivate
source activate base
2. phonopy2.14.0 安装教程
由于Linux服务器已经安装了anaconda2，Linux系统中会自带一个Python2的环境，也就是（base）。
但是phonopy2.14.0版本需要python>=3.7.0，而且不能删除anaconda2，因此只能在虚拟环境中安装anaconda3。
并在虚拟环境（py3）中安装phonopy。
2.1 下载anaconda3, phonopy2.14.0, spglib1.16.3
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anaconda3下载：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
可以通过安装anaconda，在安装python的同时安装一些常用的python第三方库。还可以用conda命令来管理虚拟环境和环境中的python库。
Anaconda的官方安装网址在https://www.continuum.io/downloads/，但是需要翻墙才能访问。
如果无法翻墙，下载Anaconda安装包的另一种方法是去清华的开源软件镜像站。
从清华镜像站上下载需要的anaconda3版本，x86是32位的，x86_64是64位的。我用的是下面第二个：
Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh。
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phonopy2.14.0下载：https://pypi.org/project/phonopy/#files
由于服务器不能连接外部网络，需要从pypi官网下载
phonopy-2.14.0.tar.gz的本地离线安装包。
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spglib1.16.3下载：https://pypi.org/project/spglib/#files
? spglib 是安装 phonopy 的依赖项，而且anaconda中没有这个python库。
? 同时服务器不能连接外部网络，所以需要从pypi官网下载 spglib 的本地离线安装包。
? 之前下载的anaconda的版本是3.7.0，所以应该从以下三个文件中下载，进过测试第三个可以在我们的服务器上安装，前两个不行。
2.2 安装anaconda3
由于Linux服务器已经安装了anaconda2，Linux系统中会自带一个Python2的环境，也就是（base）。
但是phonopy2.14.0版本需要python>=3.7.0，而且不能删除anaconda2，因此只能在虚拟环境中安装anaconda3。
将下载好的Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh放在服务器的根目录下，进入该目录。
执行下面的命令：
- 安装anaconda3环境，创建环境名为py3（这个可以自己单独设定），命令为：
bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/anaconda2/envs/py3
- 检查是否成功安装py3环境，显示所有的环境以及当前所在的环境。
conda info --envs # 或者 conda info -e
- 直接从（base）环境进入（py3）环境后，输入python，显示python版本还是2.7.11，而不是3.7.0。所以要先退出（base）环境，再进入（py3）环境。
conda deactivate
source activate py3
这里就很奇怪，我看别人的教程就可以直接从（base）环境进入（py3）环境，我就不可以 😦 反正能用就好！
2.3 安装spglib1.16.3
将下载好的spglib-1.16.3-cp37-cp37m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.whl放在服务器的根目录下，此时还是在（py3）环境下，执行下面的命令：
python -m pip install spglib-1.16.3-cp37-cp37m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.whl
# 或者pip install spglib-1.16.3-cp37-cp37m-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.manylinux_2_12_x86_64.manylinux2010_x86_64.whl
2.4 安装phonopy2.14.0
将下载好的phonopy-2.14.0.tar.gz放在服务器的根目录下，执行下面的命令解压：
tar xvf phonopy-2.14.0.tar.gz
进入phonopy-2.14.0文件夹，执行安装脚本：
cd phonopy-2.14.0
python setup.py install
phonopy
若显示如下，则说明可以使用phonopy。
不需要使用phonopy时，还需要恢复到原先的（base）环境。
conda deactivate
source activate base
- 补充
如果觉得每次都需要进入（py3）虚拟环境比较麻烦，其实还有更加简单直接的方法，通过修改配置python环境变量，实现在（base）环境下直接运行phonopy命令。如果平时不用python2的话，也可以用这种方法。
在base环境下输入 vi ~/.bashrc (配置python环境变量）
在配置文件末尾中加入下列语句（引号内的路径更换为自己的相对应路径即可）
export PATH="/home-gs/users/nsgs012_CYZ/anaconda2/envs/py3/bin:$PATH"
【i】键开始编辑，【Esc】键退出当前模式，【:wq】保存退出
运行 source ~/.bashrc 使配置生效
在base环境下的命令终端输入 python ，如果出现python3的版本号则配置成功，输入 exit()即可退出python命令模式。
- 参考教程
